永宁河发源于四川省泸州市叙永县西南与云南省昭通市威信县交界处尖山子，上源称清水河；北流入叙永县境，过白蜡乡，左纳高峰溪，转东北又转东至两河镇，右纳黄泥河，以下称南门河；又曲折东北至叙永县城区，右纳东门河，以下始称永宁河；穿城北流，再北偏西流，过龙凤镇，右纳三岔河，又左纳石板河，又曲折北偏西流绕凤凰山东麓，过天池镇、马岭镇，左纳古宋河，北过江门镇，穿江门峡而入泸州市纳溪区境；曲折北至上马镇，左纳洞沟河，右纳马河；又北过护国镇，右纳护国河，左纳漓滩河；又曲折北过天仙镇，右纳白节河；折西北于纳溪区安富街道汇入长江。流域面积3228km2，其中泸州市境内流域面积2266km2，干流河道长164km；河床坡降陡，自然落差1206m；河口多年平均流量94.6m3/s。